Liên đoàn bóng đá Đông Nam Á được thành lập vào ngày 31 tháng 1 năm 1984 trong cuộc họp tại Jakarta của 6 thành viên sáng lập là Brunei, Indonesia, Malaysia, Singapore, Philippines và Thái Lan. Ý tưởng thành lập liên đoàn xuất phát từ cuộc họp ban đầu thành lập liên đoàn bóng đá tiểu lục địa ở Bangkok năm 1982 với sự tham dự của Hamzah Abu Samah, Peter Velappan, Hans Pandelaki, Fernando G. Alvarez, Pisit Ngampanich, Teo Chong Tee và Yap. Boon Chuan. Trụ sở chính của Liên đoàn bóng đá ASEAN được đặt tại Petaling Jaya, Selangor, Malaysia.

Các quốc gia khác đã gia nhập liên đoàn kể từ đó là Campuchia, Lào, Myanmar và Việt Nam (cùng vào năm 1996), Đông Timor vào năm 2004 và Australia vào năm 2013.